Cacooで作成した他の図や一般的なWebサイトへ遷移することのできるリンクボタンがあれば、更に利用価値が高まると思います。

せっかくのFlash!　Adobe Airでの提供も行うとシームレスな作業、オフラインでの作業も可能になり、とても良いと思うのですが如何でしょうか？
Airへの移行は、プラットフォーム依存、ウェブとデスクトップアプリケーションの開発が同時に可能であるため、Flash作成の利点を活かし、低コストで可能でしょうし、ユーザビリティの向上＋ユーザ数の獲得につながると主増す。
是非とも、Airでの提供を希望します！

自由に図の作成ができるのはいいのですが、用紙サイズを規定して作成したい場合もあります。できたらいいのですが。A4横とか縦とか。

google gears等でオフラインでも利用できるサービスにならないでしょうか。

ER 図の作成には gliffy.com を使っています。
Cacoo のステンシルに ER 図が登場して、 Cacoo に全移行しようかと思ったのですが、Cacoo ではリレーションの種別が表現できず、踏みとどまっています。
ER 図の場合は、コネクタのタイプが増えるとか、そんな感じで使えるようになると助かります。

ネットワーク図を書くとき。
バス配線に、サーバ、端末がぶら下がるような図を書きたかったが、バス配線の接合点が一つしかないため
図が不恰好になった。
図アイテムに接合点を増やす方法を追加するか、接合点をたくさん持ったバス配線アイテムを作って欲しい。

企画書やディレクションなどの極秘事項を特定者のみ確認を取る時にパスワード設定があるとクライアントにも迷惑が掛からずに確認作業が出来スムーズになると思います。

テキストを追加だと連動しないので、コネクタの移動と一緒に動いてくれるラベル機能が欲しいです。

レイヤーを分けて表示、非表示させる機能があると嬉しいです。

ipadで作成、編集できるようになれば最高です

手書きワイヤフレームでウィンドウ図やコンボボックスを配置したとき、サイズを変更するとタイトルバーや入力ボックスの大きさも変わってしまうので、通常のワイヤフレームと同様タイトルバーや入力ボックスの大きさを固定したい。

複数の共有フォルダで図の編集を行っている場合、コメント通知が振り分けできずに不便。
コメント通知にBacklogのプロジェクトキーのような、その共有フォルダ固有のIDを含めて欲しい。

書体の選択リスト中に、上部に現在使用中の書体がリストされてると助かります。またドキュメント全体でデフォルトの書体を指定できるといいですね。

良く使う書体もしくは使わない（リストに出さない）書体を指定できると助かります。（100以上の書体を持ってるデザイナーとしては選択がいつも辛いので、、、）

既にある資料をアップしてから開始したいので、ぜひ取り込み機能を作って下さい。